Juhani Huotarin vanhemmat Raili ja Aulis Huotari olivat kokosydämisiä kristittyjä. Juhani tuli uskoon yhdeksänvuotiaana. Vuotta aikaisemmin hänen isänsä oli aloittanut pastorin työn Tikkurilan helluntaiseurakunnassa.
Isä otti teini-ikäisen poikansa mukaan seurakuntatyöhön ja antoi hänelle merkittävää vastuuta. Isän sydämellä oli Lappi ja siellä alueet, joissa ei ollut vapaiden suuntien toimintaa. Matkat isän kanssa olivat mielenkiintoisia. Ne antoivat Juhanille runsaasti arvokkaita kokemuksia.
Vuonna 1973 Juhani Huotari valmistui markkinointialalle. Työtä oli tarjolla, mutta Jumalan kutsu oli voimakas. Isä toppuutteli aluksi poikaansa ja toivoi, että hän olisi vuoden töissä ja kartuttaisi hieman rahavarojaan. Juhani kysyi isältään: ”Varastoitko sinä rahaa silloin kun lähdit Jumalan valtakunnan työhön?” Isä vastasi: ”En varastoinut. Saat lähteä.” Isä oli tuolloin pastorina Karkkilassa. Seurakunta siunasi Juhanin evankelistaksi.
Huotari liittyi monien muiden nuorten kanssa tunnustustenväliseen Lähetysnuoret-toimintaan (nykyisin YWAM Suomi). Nuorukainen toimi evankeliointiryhmien vetäjänä eri puolella Suomea.
Vuonna 1975 Posion helluntaiseurakunta kutsui Huotarin ja Vesa Jääskeläisen työyhteyteensä. Koko Lappi tuli samalla työalueeksi. Enontekiön Karesuvannossa Huotari tutustui evankelioimismatkalla evankelista Eeva Haavistoon. Vuoden 1977 syksyllä vietettiin häitä. Pariskunta muutti Sallaan.
Pari vuotta myöhemmin alkoi työ Rautalammen helluntaiseurakunnan pastorina. Sitten Savon seurakunnat tekivät päätöksen lähetyskutsun saaneen perheen lähettämisestä Boliviaan. Rautalammen lähetyspiiri virkkasi patalappuja, joita Uuno Mäkinen myi ovelta ovelle eri puolilla Suomea. Myyntituloilla ostettiin lentoliput koko Huotarin perheelle.
Boliviassa perhe eli vuodet 1984–1994. Maassa oli hyvä tehdä työtä. Seurakunnat olivat aktiivisia ja motivoituneita. Yhteistyö Pohjoismaista tulleiden lähettien kanssa sujui saumattomasti.
Vuonna 1994 Huotarit palasivat Suomeen vanhimman lapsensa, Mirjamin, sairastuttua. Jumala kosketti tytärtä armossaan ja paransi hänet. Suomessa Juhani Huotari toimi jälleen seurakuntapastorina, minkä jälkeen hänet kutsuttiin Stefanus-Lähetyksen (nykyisin Marttyyrien Ääni) työhön vuonna 1997.
Uusi työjakso Boliviassa kesti vuodet 2003–2007. Kymmenessä vuodessa maa oli muuttunut. Elintaso oli noussut, ja seurakunnat olivat kehittyneet. Juhani koulutti työtovereittensa kanssa kansallisia lähettejä, jotka lähtivät muslimimaihin ja Japaniin.
Boliviasta paluun jälkeen jatkui työ Marttyyrien Ääni -järjestössä. Huotari palveli sen lähetysjohtajana aina eläkkeelle siirtymiseensä saakka. Hän toimi myös Suomen Evankelisen Allianssin alaisen Kristittyjen ihmisoikeusryhmän (KRIO) puheenjohtajana.
Juhani Huotari korosti toistuvasti haastatteluissa: ”Meidän uskovien tulee vaikuttaa yhteiskuntaan niin, että on mahdollista tehdä ratkaisuja, jotka ovat kansallemme parhaaksi. Maamme tarvitsee terveen kristillisen herätyksen. Evankeliumin tulee koskettaa koko yhteiskuntaa.”
